Z AGH związany jest od 1973 r., kiedy rozpoczął studia na Wydziale Inżynierii Materiałowej i Ceramiki na kierunku Inżynieria Materiałowa. Stopień doktora nauk technicznych uzyskał w 1986 r., zaś tytuł profesora nauk technicznych w 2000 r. Przez 10 lat kierował Katedrą Technologii Ceramiki i Materiałów Ogniotrwałych na WIMiC AGH. Łącznie przez cztery kadencje pełnił funkcję prodziekana, a następnie dziekana swojego macierzystego wydziału. Przez trzy kadencje był Prorektorem ds. Współpracy AGH. Od 2020 r. pełni urząd Rektora AGH.

W 1989 r. wyjechał do USA, gdzie do 1991 r. był pracownikiem naukowym w State University of New York w Buffalo. W działalności badawczej prof. Jerzy Lis specjalizuje się w inżynierii materiałowej oraz technologii chemicznej. Jest członkiem rzeczywistym Polskiej Akademii Nauk oraz był przez dwie kadencje członkiem Prezydium Oddziału Krakowskiego PAN.

Jego dorobek naukowy obejmuje ponad 400 publikacji, 6 książek, 180 referatów wygłoszonych na konferencjach (125 międzynarodowych) oraz 18 patentów. Jest promotorem 15 obronionych i 2 rozpoczętych prac doktorskich, a także ponad 100 prac magisterskich i inżynierskich. W 2002 r. został powołany do prestiżowej The World Academy of Ceramic. Jest także członkiem The American Ceramic Society, The International Society of SHS, a także komitetów redakcyjnych międzynarodowych czasopism. Został wyróżniony tytułem Profesora Honorowego przez Uniwersytet w Szymkencie (Kazachstan) oraz Uniwersytet Nafty i Gazu w Iwano–Frankivsku (Ukraina).

Od 2024 roku jest Wiceprzewodniczącym KRASP. Pełnił również funkcję zastępcy przewodniczącego Konferencji Rektorów Polskich Uczelni Technicznych w kadencji 2020-2024. Pełni funkcję wiceprzewodniczącego Kolegium Rektorów Szkół Wyższych Krakowa. W 2019 r. został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. Otrzymał także Brązowy Krzyż Zasługi i Medal Komisji Edukacji Narodowej. Jest laureatem Nagrody Ministra Edukacji Narodowej, Nagrody Przewodniczącego IV Wydziału PAN. Za działalność naukowo–wynalazczą został uhonorowany medalem im. Tadeusza Sendzimira oraz tytułem „Złoty Inżynier” 2016 i „Diamentowy Inżynier” (2024) Przeglądu Technicznego i NOT. W 2023 roku otrzymał Złoty Medal Honorowy za Zasługi dla Województwa Małopolskiego.